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La reprise par les deux parties du terme déjà vieilli de concordat n’est pas anodine : comme le texte de 1516, celui de 1801 vise à clore une période de conflit entre la France et le Vatican. Et les deux traités, celui de François Ier comme celui de Bonaparte, confèrent au souverain les mêmes privilèges.
L’essentiel du Concordat de 1801 réside dans deux formules :
- Le Gouvernement de la République reconnaît que la religion catholique, apostolique et romaine, est la religion de la grande majorité des citoyens français. [Préambule]
- Sa Sainteté reconnaît dans le premier Consul de la République française, les mêmes droits et prérogatives dont jouissait près d’elle l’ancien gouvernement. [Article XVI]
[Leur lecture éclaire le texte souvent mal compris de la loi de 1905 qui, dans son Article 2 dispose que « La République ne reconnaît… aucun culte.]

Du passé révolutionnaire récent, il est fait table rase… pour définir les relations entre l’Église et l’État, on revient de fait en 1789. Il est vrai cependant que pour effacer la parenthèse révolutionnaire, il est nécessaire de préciser un certain nombre de points, notamment la question matérielle qui pourrait fâcher : « Sa Sainteté, pour le bien de la paix et l’heureux rétablissement de la religion catholique, déclare que ni elle, ni ses successeurs, ne troubleront en aucune manière les acquéreurs des biens ecclésiastiques aliénés, et qu’en conséquence la propriété de ces mêmes biens, les droits et revenus y attachés, demeureront incommutables entre leurs mains ou celles de leurs ayant cause. » [Article XIII]

La Constitution civile du clergé de 1790 avait provoqué un schisme au sein de l’Église de France, des clercs (curés, évêques, archevêques…) avait accepté de se soumettre et prêté le serment civique, d’autres l’avaient refusé. Par ailleurs, les anciens diocèses avaient été supprimés, les nouveaux prenaient le département comme assise territoriale, sans l’aval de la Papauté. Le Concordat permet de repartir sur de nouvelles bases :
- « Il sera fait par le Saint-Siège, de concert avec le Gouvernement, une nouvelle circonscription des diocèses français. »
- « Sa Sainteté déclarera aux titulaires des évêchés français, qu’elle attend d’eux, avec une ferme confiance, pour le bien de la paix et de l’unité, toute espèce de sacrifices, même celui de leurs sièges. »
- « D’après cette exhortation, s’ils se refusaient à ce sacrifice commandé par le bien de l’église (refus néanmoins auquel sa Sainteté ne s’attend pas), il sera pourvu, par de nouveaux titulaires, au gouvernement des évêchés de la circonscription nouvelle… » [Articles II et III]

Il en est de même pour les paroisses :
- « Les évêques feront une nouvelle circonscription des paroisses de leurs diocèses, qui n’aura d’effet que d’après le consentement du Gouvernement« .
- « Les évêques nommeront aux cures. »
- « Leur choix ne pourra tomber que sur des personnes agréées par le Gouvernement. » [Articles IX et X]